古洞站將位於未來古洞北新發展區的市中心，方便現有社區及新發展區的居民出行，亦有助釋放周邊地區的發展潛力。乘客未來將可在古洞站輕鬆轉乘東鐵綫及北環綫。

新田站將位於未來新田科技城內住宅發展的核心位置，為現有社區及未來新田科技城的居民提供更完善的交通基建網絡，提升當區與周邊地區的交通連接，有助推動新田成為宜居且暢達方便的住宅社區及就業樞紐。

牛潭尾站將位於牛潭尾新發展區範圍內，服務鄰近綜合住宅社區及北都大學教育城 。牛潭尾站與新田站僅一站之隔，將有助促進設於新田科技城的港深創新及科技園（港深創科園）發展。

凹頭站將毗鄰沙埔周邊房屋發展用地，以及區內未來公共設施，為現有及未來的社區提供更完善的交通基建網絡，提升區內與周邊地區的交通連接。

北環綫錦上路站將設於屯馬綫錦上路站旁，將為現有及未來社區，包括元朗錦田南公營房屋發展項目等提供更完善的交通基建網絡。未來錦上路站將升級為轉車站，連接北環綫及屯馬綫，方便附近居民來往各區，及使用東鐵綫的跨境鐵路服務過境。

洲頭站擬設於新田科技城未來的道路下方。

註:圖像由香港特別行政區政府提供作概念展示用途。

河套站擬設於新田科技城的港深創新及科技園（港深創科園）內。

註:圖像由香港特別行政區政府提供作概念展示用途。

皇崗口岸站擬連接位於深圳的新皇崗口岸。